Tem por finalidade planejar, organizar, controlar e avaliar as ações e os serviços de saúde, bem como gerir e executar os serviços públicos de saúde do Município; proceder a estudos e formular a Política de Saúde do Município, em coordenação com o Conselho Municipal de Saúde; participar do planejamento, programação e organização da rede regionalizada e hierarquizada do Sistema Único de Saúde – SUS, no seu âmbito de atuação, em articulação com a direção estadual do Sistema e de acordo com normas federais na área de saúde; promover e supervisionar a execução das atividades de atenção referente à saúde, fazendo observar o cumprimento de parâmetros oficiais na prestação desses serviços.

Compreendem a essa secretaria as seguintes unidades:
– Departamento Administrativo
– Departamento de Controle, Avaliação e Auditoria
– Departamento de Vigilância em Saúde e Atenção Primária
– Divisão de Vigilância Epidemiológica
– Divisão de Vigilância Sanitária e Ambiental
– Divisão de Programas e Atenção Primária
– Departamento de Saúde Mental
– Departamento de Odontologia