Tem por finalidade promover o exercício do controle contábil, financeiro, orçamentário, operacional e patrimonial das entidades da Administração Direta, Indireta e Fundacional quanto à legalidade, legitimidade, economicidade, razoabilidade, aplicação das subvenções e renúncias de receitas, a orientação e expedição de atos normativos concernentes à ação do Sistema de Fiscalização Financeira, Contabilidade e Auditoria; avaliar o cumprimento das metas previstas no Plano Plurianual; comprovar a legalidade e avaliar os resultados quanto à eficácia e à eficiência da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e entidades da Administração Municipal e da aplicação de recursos públicos por entidades de direito privado.
À Controladoria está diretamente ligada a unidade do Departamento de Controle Interno.